耶馬溪学（学校設定科目）

　 「耶馬溪学」は平成21年度に耶馬溪校が独自に設定した学校設定科目で，耶馬溪町の自然環境を高校生の視点で学びます。
　　これは耶馬溪校でしか学ぶことのできない「環境学」です。

小高合同ホタル事業（平成14年～）

小高合同ホタル事業は5月のホタル授業から始まり、観賞会、幼虫飼育、放流式と一年単位の活動で、中津市立城井小学校との合同事業になります。

ホタル授業では、高校生が“先生”になり、城井小学校で授業を行います。

城井小学校でホタル授業を受けた卒業生が、やがて耶馬溪校に入学して耶馬溪学を選択し、今度は先生役になることもあります。

ホタルや環境に関する研究
ホタルの幼虫飼育と並行して２，３学期はホタルや環境に関する実験・研究を行っています。
研究成果は紅葉祭（文化祭）などで発表しています。